Probablemente el integrante más famoso de la Sierra de Luquillo, el Yunque ha estado protegido por las leyes federales desde el 1903. Once de los ríos de Puerto Rico nacen aquí, proveyéndole agua a aproximadamente el 20% de la población de la isla. Aunque El Yunque es el más pequeño del Sistema Nacional de Bosques, es el más diverso con cientos de especies de flora y fauna entre las cuales figuran 12 especies de coquí. Además es el único lugar donde aún se encuentra la cotorra puertorriqueña, especie en peligro de extinción.

Creado en el 1919, el Bosque Seco de Guánica está localizado en la zona más seca y árida de la isla. Las 9,878 cuerdas que componen este ecosistema están divididas por la bahía de Guánica. Su suelo es altamente variado tanto en tipo como en formaciones. Desde llanos hasta acantilados; desde arenas hasta formaciones rocosas, el Bosque Seco las presenta todas dentro de un dramático entorno. Aquí viven más de 700 especies de plantas, de las cuales 48 están en peligro de extinción. De gran importancia para la vida silvestre tanto marítima como terrestre, la zona también cuenta con numerosos arrecifes de coral y lugares de crianza para muchas especies endémicas de la zona como el juey morao y los camarones de cavernas.

El sistema de cuevas de este parque es el hábitat de nueve especies de murciélagos, que a su vez son el eje de un ecosistema singular. Con una longitud de 15 kilómetros de pasillos, galerías y salones, este parque alberga el tercer río subterráneo más largo del mundo. Dentro de su atracción principal, Cueva Clara, se encuentra una enorme estalagmita, testimonio del pasar de miles de años en la formación de la caverna.

Localizado entre los municipios de Aibonito y Barranquitas, El Cañón de San Cristóbal es una depresión de origen volcánico en el corazón de la Cordillera Central de Puerto Rico, formada por la acción del agua que discurre por el cauce del Río Usabón. Este enorme rasgo geológico tiene una extensión de 9 kilómetros. Sus bordes y acantilados alcanzan una elevación hasta de 200 metros de profundidad, y cuenta con hermosas cascadas inmensas y charcos profundos. La abundante vegetación siempre verde del bosque húmedo subtropical contribuye a crear uno de los paisajes naturales más espectaculares de Puerto Rico. Además, el Cañón de San Cristóbal alberga una gran diversidad de flora y fauna.

La singular combinación de recursos naturales de La Parguera, entre los que figuran mangles, arrecifes de coral y su famosa bahía luminiscente, hacen de este lugar uno ideal para la relajación y el esparcimiento. Gracias a la coexistencia del mar y los bosques aledaños, en La Parguera se encuentra una gran diversidad de animales. Desde alrededor de 66 especies de aves hasta peces, moluscos, crustáceos, reptiles y mamíferos, hay vida en aire, tierra y mar. La Parguera es una región rica en recursos coralinos que poseen incalculable valor ecológico. Estos corales actúan como amortiguadores de oleaje, proveen albergue y alimento a una gran variedad de peces y organismos marinos, exportan substancias orgánicas a otros sistemas y nos sirven con fines recreativos. Y, por supuesto, hay pocos espectáculos nocturnos más sublimes y dramáticos que el que presenta la Bahía Fosforescente de La Parguera.

Además de la prístina condición y singular belleza del fenómeno bioluminiscente de Bahía Mosquito, la Reserva de la Bahía Bioluminiscente de Vieques ha sido identificada por el Departamento de Recursos Naturales como un área crítica para la vida silvestre de P R. Esto se debe a que se han reportado en el área especies vulnerables o en peligro de extinción como el Pato Quijada Colorada, La Perdiz Grande, El Pelícano Pardo, el Manatí, El Tinglar y el Carey de Concha. Abundan además una gran cantidad de aves acuáticas, terrestres y marinas, así como crustáceos (cocolías, juey común y langosta) y moluscos (carrucho y ostiones de mangle).

Este pequeño "santuario natural" de 14,043 cuerdas, deriva su nombre del vocablo arauco "Amona" en honor al Cacique de esa tribu. Localizada a 73.6km de la costa oeste de Puerto Rico, la Isla de Mona cuenta con enormes acantilados de 100 pies o más, extensos arrecifes de coral que la protegen, y cuatro tipos de bosques. Con extensas plantaciones de caoba, 270 especies de peces y una fauna variada y diversa, la Isla de Mona es el hogar de animales e insectos que no se encuentran en ningún otro lugar del mundo. Como dato interesante, el canto del coquí de la Mona es diferente al de la isla grande.

Localizada en la costa de Fajardo, la Reserva de las Cabezas de San Juan posee una importancia ecológica difícil de igualar, ya que alberga prácticamente todas las comunidades naturales costeras que existen en Puerto Rico dentro de un área relativamente pequeña. Entre éstas, se destacan los arrecifes de coral, las praderas de yerbas marinas, el bosque seco, la costa rocosa, las playas y los bosques de mangle. Además sirve de hábitat para un sinnúmero de peces y otros organismos marinos, así como más de dos terceras partes de las especies de reptiles y anfibios que encontramos en Puerto Rico, incluyendo tres especies de tortugas marinas y por lo menos la mitad de las familias de aves de Puerto Rico. Sus aguas también son hábitat para mamíferos marinos, incluyendo los delfines, las ballenas y el manatí. El rasgo natural más impresionante de esta Reserva Natural es la Laguna Grande de Fajardo, que es uno de los tres cuerpos de agua con bioluminiscencia permanente en Puerto Rico.

En funciones desde 1525, fue la primera industria de sal de las Antillas y contó con distinguidos administradores como Román Baldorioty de Castro. El nombre "Los Mata con Hacha" surge de la defensa de las salinas del área. Las Salinas de Cabo Rojo comprenden un área de  1,249 acres de lagunas, salitrales, bosque seco y manglares. Está catalogado como un recurso categoría 1 por el Servicio de Pesca y Vida Silvestre. Esto significa que el valor natural para la vida silvestre es único e irremplazable tanto a nivel nacional como regional. Esta área es ecológicamente significativa ya que es la última parada de alimentación en el hemisferio norte para miles de aves, antes de llegar a Suramérica en su migración anual.

Bañada por las aguas transparentes del Mar Caribe a unas seis millas al sur de Ponce, Caja de Muertos atesora una gran diversidad de recursos naturales enmarcados en un panorama escénico espectacular. En la Isla se encuentran manglares, arrecifes de coral, playas arenosas, costas rocosas, cuevas, áreas de anidaje, un bosque xerofítico (cactos, y arbustos espinosos cubren la superficie de la Isla) y muchos otros recursos. Además, en el punto más alto de la isla, se encuentra un faro, monumento histórico construido por el gobierno Español en el 1880, que ofrece una gloriosa vista panorámica de la Isla y de la costa sur de Puerto Rico.

Localizada en la costa sur de la Isla de Culebra, Playa Flamenco ha sido seleccionada como una de las más hermosas del mundo. Sus aguas cristalinas, y arenas blancas, se convierten en un gran atractivo para practicar deportes acuáticos o tener un encuentro maravilloso con la naturaleza. Playa Flamenco también ha sido galardonada con la Bandera Azul, un reconocimiento internacional otorgado por la Fundación de Educación Ambiental Europea, con sede en Dinamarca.

Este bosque reúne tres condiciones que lo hacen único entre los bosques de Puerto Rico: su clima, que se encuentra en menos del tres porciento de la Isla; los bien aireados suelos de serpentinita que permiten una rápida escorrentía y su estado de prístina conservación que contrasta con las áridas áreas adyacentes, fuertemente intervenidas y pobladas. Aquí nacen los ríos Guanajibo y Río Grande de Añasco, que son de vital importancia en el suministro de agua hacia las poblaciones del oeste de Puerto Rico. Aquí viven 60 especies de aves, de las cuales 29 son endémicas e incluyen al zumbadorcito, que se encuentra en peligro de extinción. Además, este bosque ostenta la más alta diversidad vegetal en la isla, con unas 1,141 especies de plantas.

El Río Tanamá nace en la región montañosa central en el Municipio de Adjuntas, la cual se caracteriza por una geología de origen volcánico y por un complejo sistema de túneles y cañones que fueron formados luego de colapsar el techo de antiguos sistemas de cavernas. El río corre hacia el nordeste por el corazón del Carso norteño, dándole un atractivo escénico único en su clase, hasta desembocar en el cauce del Río Grande de Arecibo. Al ofrecer un banquete visual inigualable y estar relacionado a los abastos de sobre el 22% del agua que se consume en Puerto Rico, la conservación de esta área se convierte en un imperativo.

Forma parte de los Cayos de Caña Gorda, conocida también como cayo Aurora o San Jacinto. Tiene cerca de 50 cuerdas de extensión y posee hermosos canales por donde corren las cristalinas aguas del Mar Caribe. Forma parte del Bosque Estatal de Guánica.

Los Cayos de Barca son siete de 20 cayos que conforman el estuario de la Bahía de Jobos en el área de Salinas y Guayama. Estos cayos están protegidos por la ley contra cualquier tipo de desarrollo a nivel privado debido al gran valor ecológico de su terreno. El manatí, el carey, los jueyes barbudos y los delfines son algunas de las especies que dependen de los manglares de este ecosistema y de la calidad del agua y vida marina que se ha desarrollado en el lugar y que no ha sido alcanzada por la contaminación de comercios o viviendas.

Localizada adjunto al área del faro de Cabo Rojo, esta bellísima playa también es conocida por los residentes del área como Playa Sucia. La misma forma parte del Bosque estatal de Boquerón. Encontramos en el área diversos tipos de mangle, así como uvas playeras y otras importantes especies. La fauna del lugar también presenta una interesante diversidad, particularmente en la multiplicidad de aves como la mariquita, el pelicano pardo y el playero melódico.

Localizada en el área de Arecibo, esta reserva natural de 3,805 cuerdas es el humedal estuario más grande de Puerto Rico y hábitat de alrededor de 206 especies de aves, 40 especies de peces y una flora de más de 40 especies. Caño Tiburones provee un laboratorio natural para la geociencia. El agua fresca proveniente de la zona cársica del norte y el agua salada del océano crean un hábitat único para algunas especies. Este humedal costero, en su totalidad, yace sobre un acuífero subterráneo, el cual emerge a la superficie a través de múltiples manantiales, descargando así las aguas subterráneas.

En Puerto Rico existen unas 2,000 cuevas, de las cuales se han explorado cerca de 415. Y Cueva Ventana, en el área cársica de Arecibo, goza de una localización privilegiada de gran belleza escénica a través de la cual se aprecia el valle de Arecibo. Formada por procesos naturales que pueden durar hasta millones de años, la ubicación elevada de Cueva Ventana permite al visitante tener la perspectiva amplia e inspiradora de un ave en vuelo.

Una travesía por el Río Guajataca en kayak o canoa, se convierte en una experiencia única ante los impresionantes acantilados, cuevas, manantiales y variada flora y fauna. Este río nace cerca del pueblo de Lares a una elevación aproximada de 1,600 pies sobre el nivel del mar y corre por más de 25 millas hasta desembocar en el Océano Atlántico al noroeste de la isla. Además de su faceta recreativa, el Río Guajataca alimenta al lago del mismo nombre ubicado entre los municipios de San Sebastián, Quebradillas e Isabela.

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